Las cobayas son originarios de Sudamérica, aparecieron en el Mioceno después de la formación de las cordilleras montañosas sudamericanas (hace 20 millones de años aproximadamente). Fue durante el Plioceno (hace 5 millones de años) cuando alcanzaron su mayor diversidad, existían 11 géneros, los cuales se redujeron hace 1 millón de años a los actuales 5 géneros.
Hoy en día se encuentran en la zona que va desde Venezuela al estrecho de Magallanes, en las pampas del Nordeste de Argentina, en Bolivia, en Uruguay yen el nordeste de Brasil.
La sombra roja sobre el mapa de Sudamérica muestra las regiones habitadas por cobayas.
El cobaya salvaje (Cavia aperea) presenta un color agutí (marrón oscuro en la parte interior del pelo y marrón claro en la punta), siendo esta coloración más clara por el vientre y el hocico.
El cobaya salvaje vive en gran diversidad de hábitats: zonas rocosas y montañosas, grandes praderas, sabanas, lugares pantanosos y húmedos, en los márgenes de los bosques (nunca en el interior) y hasta en alturas de 4.500 metros en las montañas de los Andes.
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